小程序定制和第三方软件工具有以下区别：

定制化程度：小程序定制开发是根据客户的特定需求和要求，从零开始设计和开发一款独特的小程序。定制开发可以提供更多个性化的功能和设计，以满足客户的特定业务需求和品牌形象。而第三方软件工具通常是现成的、通用的软件解决方案，提供一些预定义的功能和模板供用户选择使用。定制开发的小程序更具灵活性和定制化程度。

功能和扩展性：定制开发的小程序可以根据客户的需求添加特定的功能模块，满足特定的业务需求。开发团队可以根据需求进行定制开发，提供更丰富和定制化的功能。而第三方软件工具通常提供一些通用的功能模块，功能相对较为固定，无法满足所有特定的业务需求。

品牌形象和用户体验：定制开发的小程序可以根据客户的品牌形象和风格，设计独特的界面和用户体验。这有助于提升品牌的认知度和形象，并与竞争对手区分开来。而第三方软件工具通常提供固定的界面和用户体验，无法完全符合客户的品牌形象和用户期望。

数据安全和隐私保护：定制开发可以根据客户的需求和安全要求，设计和实施更严格的数据安全措施和隐私保护机制。这有助于保护用户数据的安全性，并增加用户的信任度。而第三方软件工具通常具有自己的数据处理和隐私保护政策，客户需要了解和评估其安全性。

需要注意的是，定制开发小程序通常需要更高的成本和时间投入，相对于使用第三方软件工具而言。因此，在选择定制开发还是使用第三方软件工具时，需要综合考虑项目的需求、预算和时间要求，确保选择的方案能够最好地满足您的业务需求和目标。